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S2機関（エスツーきかん）とは、使徒の動力源。スーパーソレノイド機関（Super Solenoid Engine）の略。正しい表記は「S2機関」である。企画書、また初期の脚本の段階では「陽電子機関」と呼ばれていた。永久機関とされ、その作動原理は葛城博士が提唱したスーパーソレノイド理論に基づくとされた。
作中ではドイツでS2機関のサンプルを修復することに成功したとされるが、これは第伍話『レイ、心のむこうに』で第4使徒シャムシエル解体作業現場に来ていたネルフドイツ第3支部の技術者が使徒の残骸から持ち帰り修復したものである。後にアメリカ第2支部においてサンプルを建造中のエヴァンゲリオン4号機に搭載しようとしたが、謎の消滅事故を起こし、4号機とともにサンプルは失われた。この消滅事故は、Ｓ２機関が暴走した末にディラックの海が発生、アメリカ第二支部がディラックの海に取り込まれたということである。その様子は、ネルフの衛星がとらえている。しかしデータはドイツに残っており、それによって修復されたのかエヴァンゲリオン量産機にはS2機関が搭載されている。
第拾九話『男の戰い』にて初号機が第14使徒ゼルエルを食い殺したときに、赤木リツコが「S2機関を自ら取り込んでいる」と発言している。以降、初号機の体内にはS2機関が存在していることが報告されている。
ゲーム『シークレット オブ エヴァンゲリオン』の中では、S2機関は対消滅機関と説明され、半永久的にエネルギーを生み出すのは対消滅と対生成が繰り返されるからとされている。また、使徒が自爆するのはS2機関を制御し、エネルギーの蓄積量の限界を自ら超えるためとされている。
