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日本国政府（にほんこくせいふ）とは、日本国の統治機関の総称。狭義には内閣とその指揮監督下にある中央官庁とを指す。
劇中においては、使徒殲滅において特務機関ネルフに協力する一方で、その強権ぶりに反発してか対抗勢力としても描かれおり、両者の関係が良好とはいえない。その所在地から換喩的に「第2東京」と呼ばれることがある。
第3使徒サキエル襲来に際して特別非常事態宣言を発令し、その翌日にはネルフ広報部が予め作成していた「シナリオB-22」に沿った内容の記者発表を真弓内閣官房長官が行っている。また、第六話『決戦、第3新東京市』ではヤシマ作戦に全面的に協力している。これらからは日本国政府がネルフの言いなりになっているかのようにも取れる。しかし、第七話『人の造りしもの』冒頭の加持リョウジの台詞によれば、ネルフに対する情報公開請求のための法的整備を進めていたり、日本重化学工業共同体の人型兵器JA開発に内務省が関与していたりと、政府内にネルフへの危機感ないし対抗心が見え隠れする。加持自身も内務省調査部に所属し、ネルフの内偵にあたっている。さらに、第拾壱話『静止した闇の中で』での第3新東京市及びネルフ本部の停電は、日本国政府の諜報機関の手によるものではないかとの推測がある。
劇場版では、ネルフに対する最後通告ともいうべき「A-801」を発令し、戦略自衛隊1個師団を本部に侵攻させた。首相とその秘書官の会話から、ネルフが人類補完計画と称してサードインパクトを誘発し人類を滅ぼそうとしているとの認識があったようだが、ファンの間ではゼーレによる情報操作の結果と解釈する向きがある。
2000年9月13日に発生したセカンドインパクト及び同20日に投下された「新型爆弾」（N2兵器か？）によって壊滅した東京（旧東京）の復興を日本臨時政府が断念している。臨時政府の構成については、セカンドインパクトの発生が日曜日であったことから、地元選挙区に帰っていたおかげで難を逃れた地方出身の国会議員ではないかといわれている。
臨時政府は長野県松本市への遷都を決定し、2001年には第2新東京市として首都機能の建設が着工された。2003年初頭までには首都としての役割が十分に果たされるまでになっている。だが、日本国政府に対してゼーレが圧力をかけたのか、2005年に第二次遷都計画が国会で承認されており、富士箱根に第3新東京市の建設が進んでいる。ただ、10年が経過した2015年現在に至っても第3新東京市への遷都は行われておらず、遷都とは要塞都市建設を偽装するためのものであると考えられている。
