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『新世紀エヴァンゲリオン』には貞本義行の手によるコミック版『新世紀エヴァンゲリオン』も存在する。「漫画版」や「貞本エヴァ」として呼ばれることもある。連載第一回は1994年12月に発売された『月刊少年エース 2月号』。アニメの宣伝のため、テレビ放送に先駆けること9ヶ月前に開始された。アニメ放送から年月が経ち、現在は漫画がエヴァの原作であると思われていることも多いが、実際の原作はアニメーションである。
2010年4月上旬現在、劇場版第25話「Air」中盤に相当する箇所まで進行、単行本は第12巻まで刊行中。結末はテレビ版とも劇場版とも異なるという貞本自身の発言がある。
世界観は基本的に共有されており、おおまかな話の流れも同じだが、登場人物の性格や生い立ちの違いを初めとした設定などに様々な変更点がある。特に顕著なのが渚カヲルの性格変更と、それに伴う碇シンジとの関係の変化であり、アニメ版では一種「ボーイズ・ラブ」的関係と捉えられる言動があったのに比べ、漫画版では当初明確にシンジはカヲルを嫌悪していた。
アニメよりも情報量が多く、最初にネルフから退職した碇シンジを、葛城ミサトが連れ戻しにいった際、ペンペンについて語っているのもその一つ。また鈴原トウジの髪の色が黒でなく茶だったり、惣流・アスカ・ラングレーが茶髪（オレンジ）でなく金髪（黄色）だったりと、主要登場人物のグラフィックデザインにもアニメとの違いが目立つ。アニメには反映されなかった初期設定の一部が復活されているのも特徴である。
掲載ペースが遅く、最近では順調に掲載されていても隔月ペースである。
なお、2009年7月4日に創刊される『ヤングエース』に掲載誌が変更される予定となっている。同誌は月刊少年エースの姉妹誌であり、2007年3月から2009年1月まで存在した青年漫画誌『コミックチャージ』の後釜と目される雑誌であり、これにより本作品は足掛け15年にして少年エースを離れる事となる。
