副司令（ふくしれい）とは、特務機関ネルフにおける役職である。総司令の補佐官であり、組織のナンバー２の要職である。冬月コウゾウが務める。
第参話『鳴らない、電話』や第九話『瞬間、心、重ねて』など、総司令たる碇ゲンドウが不在の時には現場の指揮を取ることもあるが、冬月曰く「碇め、雑用はすべて私に押し付けおって。」とのことなので現場の細々したこと(資産管理など)や第3新東京市への市政関与などは冬月の管轄、作戦承認や予算獲得、「人類補完委員会」など上級機関への折衝などはゲンドウの管轄というように住み分けがなされているとも考えられる。
