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内務省（ないむしょう）とは、本編における日本の中央官庁の一つである。
第七話「人の造りしもの」の時点での長官（大臣ではない）は、万田。
民間で開発されたJAの全データデリートのパスワードを口外するにあたって、時田シロウが万田長官の許可を仰いだり、また同省調査部にも所属していた加持リョウジが特務機関ネルフの内偵をしたりと、その職務には国内の治安維持及び情報活動が含まれると推測される。
後述の通り、実在の内務省は1947年に解体されたが、セカンドインパクト後に復活したのだろう。もっとも、劇中では2015年現在もソ連は解体しておらず、セカンドインパクト前の歴史も現実と異なっている。したがって、セカンドインパクト前から内務省が存在していた可能性も否定できない。
日本において内務省は、明治維新直後の1873年、地方行政、警察、国土開発、社会政策などを司る政府機関として太政官（いわゆる「明治新政府」の最高権力機関）の下に発足し、1885年に内閣が設けられるとその一省となった。1938年に社会政策部門を厚生省（現在の厚生労働省）として分離し、第2次世界大戦後の1947年、連合軍により解体された。現在の内閣府、総務省（地方自治、選挙、統計関係）、国土交通省（交通関係を除く）、国家公安委員会は、解体時点における内務省の所管業務を引き継いだものである。
本編で、加持が所属していた内務省調査部は実在の内務省にも存在した(正式には内務大臣監房調査部)が、GHQの接収財産返還の受領事務を扱う部署であり諜報機関ではない。複数のファンフィクション(FF)にて、加持の所属を「内調」と略記している事例がある。実は現実にも略称が「内調」と表記される国家機関があることはあるが、そちらは「内閣情報調査室」であり、内閣官房の内部組織の情報機関である。現実の内調もスパイ組織と一般に看做されるが、加持リョウジのような、或いは「スパイ小説」で見られるような荒事を実際に為しているのかどうかについては全く判らない。
