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人類補完計画（じんるいほかんけいかく）とは、碇ゲンドウが遂行にあたっている計画の一つ。国連の秘密機関である人類補完委員会（特務機関ネルフの上部組織）の指導・監督の下に、ネルフの主任務である使徒殲滅に重ねる形で進められている。
人類補完委員会の言葉を借りれば、使徒を倒すよりも重要な仕事であり「唯一の希望」とされる。
TVシリーズ放映中は、その具体的な内容は一切明らかにされず、綾波レイがそのために存在していたことと、その結果を放映するには30分アニメの時間枠では到底時間が足りないということ、そして少なくとも碇シンジの場合はその結果、自分が世界にいてもいいことに気づけたということだけが分かっている。
その全貌は劇場版（EOE）で明らかにされた。人類補完計画はゼーレとゲンドウが共に目指してきた事だったが、双方の目指した人類補完計画は、目的や内容の異なる部分もあったようだ。 ゲンドウの計画については「不要な体を捨て、すべての魂を今ひとつに。そしてユイの元へ行こう」などのセリフを考慮するしかないが、まず自らの手のひらに宿した復元されたアダムの胎児を介して綾波レイと融合し、その後でリリスと融合する事で、リリスを自分の意思で動かせるようにする。そしてリリスのアンチATフィールドによって人類の肉体をLCLに戻し、肉体から魂を解放する。そして自分も含めた全人類の魂を碇ユイの魂の宿るエヴァンゲリオン初号機に宿す事で、人類は永遠の命を手にいれる、という内容のものだったとする推測も可能であろう。しかしながらゲンドウにとっては、人類が永遠の命を手に入れるという目的は建前であり、真の目的はユイと再び会うことであったようである。この計画は綾波レイの造反により失敗に終わった。 一方、ゼーレが目指した人類補完計画は、エヴァンゲリオン量産機のS2機関を使ってリリスの卵である黒き月を地中から掘り起こし、ロンギヌスの槍を使い、初号機を依り代として（当初の予定ではリリスであったようだ）生命の樹を出現させる。そして人類の原罪をキリスト教に基づく儀式によって償い、サードインパクトを起こして、人類の肉体から魂を解放する。そして人類の魂を黒き月の中に集め、新たなる単体の生命体として生まれ変わる、という内容のものであったようだ。ゲンドウの計画に比べて、ゼーレの計画は宗教の概念に基づいたものであり、これはゼーレがもともと宗教集団であったためである。 こちらの計画も途中までは上手くいっていたものの、初号機に搭乗していた碇シンジの意思によって黒き月は砕け散り、人々の魂は新生することなく地表へと還された。
第弐話『見知らぬ、天井』での人類補完委員会の会合の際、極秘資料として「人類補完計画 第17次中間報告書」なる報告書の表紙が描写されている。この画像はオープニングのアニメーションでも映っているし、パチンコ・パチスロではプレミア当たりを表す画像としても利用されるなど、「新世紀エヴァンゲリオンの謎」を象徴するプロップの一つでもある。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』では、なぜか超機密資料の「人類補完計画 第27次中間報告書」と改められている。
この語句はファンに多大な影響を与えた。ゆえに多くの派生語が存在する。以下に列挙する。
