財団法人人工進化研究所(ざいだんほうじんじんこうしんかけんきゅうじょ;英:Artificial Evolution Laboratory,AEL)とは、エヴァ作中に登場する架空の機関。特務機関ネルフの前身である国連直属の研究機関である。2003年から2010年にかけて箱根山麓地域に存在した。所長は碇ゲンドウ。
その実態は人類補完計画の調査組織であるゲヒルンのカモフラージュであり、両組織は少なくとも人員の面では共通している。
人類補完計画を実行するに当たって必要不可欠な要素であるエヴァの建造の他、主なものでは赤木ナオコ博士を中心に第7世代コンピューター、MAGIの開発を行っていた。
人工進化研究所第3分室(英:Artifical Evolution Laboratory Annex-3)はターミナルドグマ下層に存在する研究室である。本編第弐拾参話『涙』Bパートで登場する。FF設定のダミープラントとされている施設と同じものと考えられ、地上に出される前に綾波レイが暮らしていたと説明されている。
ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』では特務機関ネルフと並立しているとされ、ジオフロントのネルフ本部との間には「ゲヒルン・インクライン」と呼ばれる登山鉄道のような外観のケーブルカーが連絡している。チルドレンの更衣室などは人工進化研究所の建物内に存在し、玄関ホールにはなぜかGAINAXのロゴが存在する。