メルキオールとは、MAGIを構成する3基のスーパーコンピュータの1基。正式名称は「Super Computer MAGI MELCHIOR・1」。
特務機関ネルフ本部第1発令所(後に第2発令所)の主モニターに向かって右側の総合分析所に設置されている。開発者赤木ナオコの科学者としての思考パターンが移植されている。
第拾参話『使徒、侵入』では、真っ先に第11使徒イロウルにリプログラムされてしまい、本部の自律自爆を提訴するに至った。
ゲーム『碇シンジ育成計画』では、最上アオイが主任オペレーターを務める。
新約聖書『マタイによる福音書』に登場する「東方の博士」のうち、神の子イエスに黄金を捧げた者の名前として、7世紀頃に命名されたMelchiorから。青年の姿で描かれ、黄金は王権を象徴するものといわれる。
ファンフィクション(FF)においては、「科学者のナオコ」として擬人化させている作品が多い。