メインシャフト(英:Main Shaft)はジオフロントからターミナルドグマに至る縦溝の内最大の直径を有するものを指す語である。中央大垂直溝とも呼ぶ。メインシャフトに沿った形で各種実験設備や発令所、エヴァンゲリオン格納庫たるケイジが設置されており、これら施設をセントラルドグマと呼称する。
要所要所に防御隔壁シャッターが複数存在し、第11使徒イロウル侵入時、第14使徒ゼルエル侵攻時、戦略自衛隊侵攻時などに隔壁閉鎖が行われた。
