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ドイツ第3支部（ドイツだい3しぶ）とは、特務機関ネルフの海外支部の一つで、ドイツ国内に位置する。所在地についてはMAGI3号が設定されているベルリン、または同5号が設置されているハンブルクではないかと考えられている。
エヴァンゲリオン弐号機は設計及び部品の製造こそ日本国内で行われているが、組み立て及び起動実験はドイツ国内で行われた。なお、第八話『アスカ、来日』でのO.T.R艦長の「ドイツの第3支部より本艦隊が預かっている」との台詞から、日本本部に移管されるまでの間、弐号機及びセカンドチルドレン・惣流・アスカ・ラングレーはドイツ第3支部に所属していたと推測される。
第伍話『レイ、心のむこうに』では、第4使徒シャムシエルの解体作業にドイツ第3支部の技術者が参加していることが現場のアナウンスで確認できる。弐号機及びアスカ移管後のドイツ国内のネルフ支部では、シャムシエルのコアから採取したS2機関のサンプルの修復及びそのデータの保存、5号機及び6号機の建造を行っている。また、日本本部が時間的・金銭的に余裕がなくなりだしてからは、大破したエヴァを修復するにあたって5号機及び6号機の部品を流用させるなどの協力をしている。ただ、ドイツ国内に複数のネルフ支部が存在する可能性があるため、これら全てをドイツ第3支部のみが行ったと断言することはできない。
ネルフの前身組織であるゲヒルン時代から「ドイツ第3支部」は既に存在しており、葛城ミサトはゲヒルン入所直後ここに配属されている。
ゼーレの首席たるキール・ローレンツがドイツ系と見られているためか、ファンフィクション（FF）でのドイツ支部は各支部の中でも高い発言力を持つとされ、特にネルフ本部がゼーレと対立姿勢を強める場合は対本部の中心的位置に立つ作品が多い。零号機、初号機に続き建造された弐号機がドイツ支部の手によるものであったことがその推測を裏付ける一材料とされている。
