スーパーソレノイド理論(スーパーソレノイドりろん)(英:Super Solenoid Theory) とは、葛城博士が提唱した、無からエネルギーを得られるとされる理論。略称はS2理論。
発表当時は突飛過ぎると広く受け入れられていないようだったが、南極で発見されたアダムの動力源(コア)がスーパーソレノイド理論によってしか説明できないために、図らずも実証された形となった。後に、使徒の動力源をS2機関と称することになる。
本編では、スーパーソレノイド理論の内容そのものについての説明はなかったが、ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では以下のように補足がなされた。 この世界は螺旋で構成されており、DNAと同じその形からエネルギーを得ている。螺旋のエネルギー、つまり無尽蔵のエネルギーを得ようとするエンジンとしてS2機関を構想するものが、スーパーソレノイド理論である。S2機関は永久動力機関であると説明されており、また理論の内容から第一種永久機関であることが窺える。この点でエネルギー保存の法則との矛盾が指摘され、『新世紀エヴァンゲリオン2』発売の前後を問わず、一部のファンにはS2機関を半永久機関であると捉える向きがある。