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シェルターとは、災害や戦争などの非常事態から人や物資を守るための建築物。
劇中の日本には、非常の事態に備えたシェルターが各地に存在し、国民は特別非常事態宣言発令時等の非常時には、指定されたシェルターに避難する。第3新東京市にもシェルターは多数存在するが、主に使徒との戦闘時の避難用であると考えられる。第3新東京市のシェルターは、戦時の防空壕として作られたと考えられる日本各地のシェルターと根本的に異なるものである可能性も高い。以下では特に断らない限り、劇中で描写されていた第3新東京市のシェルターについて述べる。
第参話『鳴らない、電話』話等で描かれた鈴原トウジら第3新東京市立第壱中学校に通う生徒が学校登校中に非常事態宣言が発令された際に使用するとみられるシェルターは、山の斜面を刳り貫いた地下に存在する。同話ではこのシェルターは「第334地下避難所 - 第3新東京市 防災課」となっており、シェルターの設置数をうかがうことができる。
シェルターはトイレ等最低限の付属設備は整えており、天井も避難施設にしては十分に高い。内部までテレビ放送の電波が引き込まれていて、ケンスケが持ち込んだ携帯テレビはシェルターの内部でも動作していた（ただし報道管制で文字放送となっていた）。
シェルターの保護能力にも限界はあり、脚本段階では二回、テレビ放映時では第拾九話『男の戰い』での一回、使徒との戦闘中によりシェルターが破損するといった描写が存在する。脚本段階ではトウジの妹が怪我をした理由は戦闘によるシェルターの破損であるといった描写がなされていた（EVANGELION ORIGINAL I p.#3-10）が、テレビ放映時にはカットされている。劇中で描かれたシェルターの破損はジオフロント内に存在するシェルターのものである。
