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サードインパクト（英:Third Impact）とは、本編においてはセカンドインパクトに続いて使徒によって引き起こされることが予測されている大災厄と説明されていたが、劇場版においては人類補完計画の過程の１つでもあることが明らかになり、実際にはゼーレの手によって人為的に引き起こされた。
サードインパクトとはアンチATフィールドによって人がATフィールドを失い、生命の根源の姿であるLCLに還元される現象を指す。
使徒がネルフ本部最深部ターミナルドグマに眠るアダムと接触することで、サードインパクトが発生するとされており、第拾四話「ゼーレ、魂の座」では使徒イロウルによる初の本部内侵入を許したとする未確認情報に対し人類補完委員会の委員が深い憂慮を示している。一方で、サードインパクトの発生源たるアダムがネルフ本部内に存在すると言うことは第拾五話に至るまで、ネルフの上級スタッフである葛城ミサトも知らなかったことであり、使徒がサードインパクトを引き起こすにしても、それがどのようにして起こるかはネルフ内部でも共有されていなかった。しかし、弐拾弐話以降では、ターミナルドグマに存在するアダムの存在は、本部の主要スタッフには浸透している知識であるようにも見える。
なお、実際にターミナルドグマにて巨大な十字架に磔にされているのはアダムではなくリリスである。ゲーム「新世紀エヴァンゲリオン２」の中では、使徒がアダムまたはリリスに接触するとサードインパクトが起きると説明され、アダムを目指す使徒は母であるアダムを取り返そうとする者であり、リリスを目指す使徒はリリスの持つ知恵の実を奪う事で新たな生命になろうとする者と説明されている。いずれにしても生存競争の為であり、これによりサードインパクトが引き起こされ、全生命はリセットさせられるとなっている。
更にゲーム『シークレット オブ エヴァンゲリオン』では、「カヲルを殺すなら人類の滅亡を選ぶ」ことを選択したシンジの願いに応じ、使徒タブリスがリリスと接触してサードインパクトを発生させるシナリオがあり、ガイナックス監修の二つのゲームで「使徒とリリスの接触によりサードインパクトが発生する」という設定が採用された。
碇ゲンドウとゼーレはともに「死海文書に書かれた全ての使徒」を殲滅した後にサードインパクトを人為的に起こし、それぞれの意図する人類補完計画を実現させようとしていたようである。 当初のゼーレの計画案によれば、ロンギヌスの槍とリリスを用いてサードインパクトを起こそうとしていたようであるが、ゲンドウの命により、第15使徒アラエルとの戦いでロンギヌスの槍は宇宙へと投擲され、回収が不可能となった。これにより、ゼーレはリリス単独による補完が不可能となり、エヴァンゲリオン初号機による補完を目指すという計画の変更を余儀なくさせられる事となった。 ゲンドウは独自に「アダムとリリスの禁じられた融合」を用いてサードインパクトの発生、補完を目論んでいたが、最終的には綾波レイのゲンドウからの離反により、人類の命運はシンジに託される形となった。 結果、ゼーレ主導の元、初号機によるロンギヌスの槍の帰還、エヴァシリーズによる黒き月の復活がなされ、最終的にはアダムと融合したリリスがシンジの望みを叶える形でサードインパクトが発生した。
